Après avoir traversé les Pyrénées et fait un bref séjour à Pampelune, saint Josémaria décida de s’installer à Burgos où il vécut du 8 janvier 1938 au 27 mars 1939, dans une grande précarité comme tant d’Espagnols à l’époque. En mars 1939, il regagna Madrid.
Il fut encouragé à le faire pour trois motifs essentiels : le train desservait les autres villes de province de cette zone de l’Espagne. Elle devint ainsi l’endroit géographiquement idéal pour que les personnes de l’Opus Dei qui étaient mobilisées sur les différents fronts de la dite “zone nationale » puissent venir le voir. Ceux qui étaient sur les fronts de la dite « zone républicaine », ne pouvaient bien entendu pas le faire.
L’autre motif décisif fut que mgr Casimiro Morcillo, son ami prêtre chargé de l’organisation du diocèse de Madrid, y résidait.
Et la troisième raison tenait à ce que, à cause de la guerre, de nombreuses connaissances qu’il souhaitait revoir et fréquenter s’y étaient installées aussi.
Toute autre raison envisageable à caractère non apostolique est sans aucun fondement puisque seul l’apostolat avait motivé ce choix du fondateur.
Quand il s’installa à Burgos, le fondateur était un prêtre de 36 ans, totalement inconnu, excepté dans certains cercles ecclésiastiques aragonais et madrilènes. Ni son arrivée ni son séjour à Burgos ne figurent dans aucun journal ni dans aucune publication de l’époque, ceci montre qu’il n’était pas d’un grand intérêt.
Certes, il avait entouré et connu à Madrid des milliers de personnes en raison de son travail sacerdotal à la fondation des malades, mais mis à part quelques étudiants, et quelques professeurs universitaires, il s’agissait de mourants dans les hôpitaux, de familles des quartiers pauvres, d’enfants qui avaient une vie misérable dans les bas quartiers, dans la ceinture de misère qui ceignait la capitale, de « petits voyous » à l’Asile de Porta Coeli. C'est-à-dire des gens sans aucun relief social.
L’Opus Dei, quant à lui, n’était qu’une réalité presque inconnue : composé d’une petite douzaine d’étudiants qui, pour la plupart, étaient éparpillés sur les différents fronts d’un camp et de l’autre, là où la guerre les avait surpris, comme tant d’Espagnols.
L’Œuvre, tout comme son fondateur, était à peine connue en dehors du milieu universitaire de Madrid et des cercles ecclésiastiques madrilènes.
—CASCIARO, P., Rêvez et la réalité dépassera vos rêves, témoignage d’un des plus anciens membres de l’Opus Dei sur son fondateur. Prologue de Xavier Echevarria, Editions le Laurier, Paris 1994.